Le conseil d’administration de la CRÉ est assujetti à la Loi sur le ministère des Affaires municipales, des Régions et de l'Occupation du territoire qui prévoit que le conseil d’administration d’une CRÉ est composé à la base d’élus municipaux. En font d'office partie, comme représentants : les préfets des municipalités régionales de comté (MRC) et les maires des municipalités de 5 000 habitants. Lorsqu'une CRÉ comprend sur son territoire au moins une communauté autochtone représentée par un conseil de bande, le conseil d'administration de la CRÉ inclut un représentant pour la nation autochtone à laquelle appartient cette communauté.

Au Saguenay–Lac-Saint-Jean, le C.A. de la CRÉ est composé à la base de 14 élus municipaux, d’un représentant du Conseil des Montagnais du Lac-Saint-Jean et de 7 représentant et représentantes socioéconomiques. Les 5 députés provinciaux sont membres du conseil sans droit de vote.

Membres du conseil 2013-2014